Sainte Agnès, perchée sur son éperon rocheux qui surplombe la mer, à plus de 800 mètres , a une longue histoire, que les fouilles* entreprises depuis 1993, sur le site castral aident à mieux cerner.
Dans l'Antiquité, le site connaît une fréquentation épisodique ou semi permanente de bergers ou de paysans qui s'intensifiera jusqu'au 5ème siècle.
Les fouilles, qui ont mis à jour une église dédiée à Sainte Agnès, jeune romaine martyrisée sous Déoclétien en 303, permettent de dater du début du XIIème siècle, un habitat sur la crête qui domine le village actuel.
Dans les textes, le nom du village apparaît vers 1150, le château vers 1180. Celui-ci appartient alors au Comté de Vintimille, qui le gardera en sa possession jusqu'en 1258.
Par ces atouts incomparables, ce nid d'aigle sera l'enjeu d'incessantes hostilités entre le Comte de Provence et les Génois, avant de passer, en 1388, avec tout le pays de Nice, sous la domination des Comtes de Savoie. Pendant près de cinq siècles, c'est la maison de Savoie qui entretiendra une garnison au château qui entreprendra de nombreux et importants travaux d'agrandissement, dont les vestiges subsistent encore.
et Le village se déplacera vers son site actuel, vers 1400, pour s'installer sur un emplacement plus accessible, plus proche des terrains cultivables et des sources.
Au siècle suivant, s'édifie l'église Notre Dame des Neiges, et l'église "d'en haut" est abandonnée Le château s'étend alors sur tout le site et les nombreux combats entre les Français de Louis XIV, les Sardes, puis les Gallispans (Franco-Espagnols) au XVIII ème siècle, prouvent l'importance stratégique de cette forteresse.
Sainte Agnès deviendra française en 1793, mais retournera, en 1814, royaume de Piémont Sardaigne, jusqu'en 1860, ou par le plébiscite du 24 mars, elle sera réunie en même temps que le Comté de Nice, définitivement à la France.